Παρά το γεγονός ότι το μεγαλύτερο μέρος της βιοποικιλότητας της Ελλάδας σε γενετικό επίπεδο και στα διάφορα είδη παραμένει άγνωστο, τα υπάρχοντα στοιχεία δείχνουν σαφώς ότι είναι ιδιαίτερα υψηλό όσον αφορά την άγρια πανίδα και χλωρίδα και τους γενετικούς πόρους που σχετίζονται με τη γεωργία και τα προϊόντα διατροφής.
Εκτιμάται ότι υπάρχουν περίπου 50.000 είδη ζώων, ενώ 15.000 είναι ήδη γνωστά και από τα οποία περίπου 25% είναι ενδημικά. Παρομοίως, υπάρχουν πάνω από 5.500 είδη φυτών εκ των οποίων πάνω από 1.000 είναι ενδημικά.
Τα είδη που προστατεύονται από το νόμο είναι συγκριτικά λίγα (περίπου 700 είδη ζώων και 900 είδη φυτών) και συγκεκριμένα μέτρα διαχείρισης έχουν ληφθεί μόνο για ένα μέρος από αυτά. Για πολλούς οργανισμούς όπως μικροοργανισμοί, μύκητες κ.λπ., δεν υπάρχουν αξιόπιστα δεδομένα, αν και όλες οι ενδείξεις υποδηλώνουν ότι παρουσιάζουν μεγάλη ποικιλομορφία. Πρέπει επίσης να τονιστεί ότι, λόγω του υψηλού επιπέδου ενδημισμού και επειδή αποτελεί ένα από τα τελευταία καταφύγια πολλών απειλούμενων και σπάνιων ειδών σε ευρωπαϊκή κλίμακα, η Ελλάδα αποτελεί σημαντικό χώρο για την ευρωπαϊκή και την μεσογειακή πανίδα και χλωρίδα.
Οι γενετικοί πόροι καταγράφονται σήμερα με τις εφαρμογές της βιοτεχνολογίας και γίνονται γνωστές πολλές ενδημικές ποικιλίες φυτών, καθώς και πολλά αρωματικά και φαρμακευτικά φυτά. Επιπλέον, είναι γνωστός ένας σημαντικός αριθμός ειδών ζώων που ζουν σε αγροτικές περιοχές και οικιακών ειδών ζώων.
Ιδιαίτερη προσοχή δίνεται αναπόφευκτα σε απειλούμενα είδη, καθώς για πολλά από αυτά η Ελλάδα είναι ένα από τα τελευταία καταφύγια τους στην Ευρώπη και τη Μεσόγειο. Έχουν υλοποιηθεί έργα για τις φώκιες Monachus monachus, τις θαλάσσιες χελώνες Caretta caretta, τις καφέ αρκούδες Ursus arctos και πολλά άλλα είδη που κινδυνεύουν ή είναι ενδημικά, συμπεριλαμβανομένων και των πτηνών που απειλούνται με εξαφάνιση.
Ωστόσο, υπάρχει πολύς δρόμος για να επιτευχθεί η παρακολούθηση των ειδών και των οικοτόπων των χερσαίων, παράκτιων και θαλάσσιων οικοσυστημάτων. Παρουσιάζονται πολύ σημαντικές ελλείψεις στους τομείς των ασπόνδυλων, των μυκήτων και των θαλάσσιων – παράκτιων ειδών, των ξένων ειδών και μελέτες της επίδρασής τους στα φυσικά οικοσυστήματα δεν έχουν πραγματοποιηθεί μέχρι στιγμής.